Mit dem Projekt Müritzeum war die Umgestaltung und Einbindung des Müritz–Museums mit seinem Müritz-Aquarium und den naturhistorischen Landessammlungen verbunden. Es sollte ein touristischer Anziehungspunkt in Waren entstehen, der sowohl den Besuchern der Region als auch den Einheimischen die Natur- und Kulturgeschichte der Mecklenburgischen Seenplatte und des Landes nahebringt. Am 14. Dezember 2005 fand die Grundsteinlegung für das neue Ausstellungsgebäude statt. Das schwedische Architektenbüro von Gert Wingårdh (Göteborg) entwarf ein außergewöhnliches Bauwerk, dessen Fassade mit angekohltem Lärchenholz verkleidet wurde. Am 2. August 2007 erfolgte die Eröffnung des neuen Hauses, nachdem bereits ein Jahr zuvor das sanierte historische Museumsgebäude mit einer neuen Ausstellung der Öffentlichkeit übergeben wurde. Die Ausstellungsfläche beträgt als 2.300 m². Im Haus der 1000 Seen wurde mit dem Süßwasseraquarium, dem größten Spezialaquarium für heimische Fische in Deutschland, eine besondere Attraktion geschaffen. Das Konzept der Ausstellung beruht auf dem spielerischen und interaktiven wissenschaftlich fundierten Umgang mit den Themen Natur und Landesgeschichte.
Die modern gestaltete Dauerausstellung im historischen Gebäude, dem Haus der Sammlungen, erzählt die Geschichte des Museums und informiert über den Sammlungsbestand.
Das Müritzeum ist gleichzeitig das „Welcome Center“ der Region. Es bietet eine Vielzahl von Informationen zu aktuellen kulturellen und touristischen Angeboten in der Mecklenburgischen Seenplatte und im Müritz-Nationalpark.
Auf einer ganzen Etage des neuen Ausstellungsgebäudes, dem Haus der 1000 Seen, werden in derzeit 26 Becken etwa 40 Fischarten sowie Krebse und andere Wasserbewohner gezeigt. Im Mittelpunkt steht das 105.000 Liter fassende Tiefenbecken, das mit je einem Schwarm der Großen und der Kleinen Maräne besetzt ist. Die typischen Fische der Flüsse und Bäche werden in einem nachgestalteten Flusslauf vorgestellt. Hierunter sind auch Störe; diese Fischart ist vom Aussterben bedroht. Mit Nachzuchtprogrammen sollen die beiden ehemals in der Nord- und Ostsee häufig vorkommenden Störarten wieder angesiedelt werden. Im Müritzeum ist der Amerikanisch Atlantische Stör (Acipenser oxyrinchus) und seit dem 7. September 2015 als neue Art auch der Europäisch Atlantische Stör (Acipenser sturio) zu sehen. Darüber hinaus werden drei weitere Störarten gezeigt. Von 2014 bis zu seinem Tod im November 2016 wurde hier ein „goldener“ Hecht in einem Sonderbecken gehalten, der im Malchiner See gefangen wurde.
In der interaktiven Ausstellung gibt es neben Textinformationen auch zahlreiche Tierpräparate, kurze Filme und Tierstimmen. Geologische Objekte laden zum „Begreifen“ der Natur ein. Es gibt einen nachgebildeten Stamm einer 1000-jährigen Ivenacker Eiche.
Der Museumsgarten erstreckt sich rund um den Herrensee und verbindet die beiden Ausstellungshäuser. Hier gibt es alte Bäume, eine Vielzahl frei lebender Tiere (u.a. eine Kolonie Lachmöwen auf einer Brutinsel), geologische und historische Sammlungsobjekte, eine Schaubeute mit Honigbienen sowie Ausstellungsstücken zur Imkerei.
Mehr über das Müritzeum erfährt man hier und hier (Zootierliste).
