Gegenüber von Aquarium und Marinemuseum befindet sich das UNESCO-Weltnaturerbe Wattenmeer Besucherzentrum für den Nationalpark Niedersächsisches Wattenmeer. Seine Ausstellung behandelt das Wattenmeer. Zur Unterstützung der Schutzziele des Nationalparks und zur Förderung des Natur- und Umweltbewusstseins werden die unterschiedlichen Themenbereiche Vögel, Watt, Salzwiesen, Fischerei, Gefahren im Watt sowie Sturm aufbereitet und spielerisch vermittelt. Von der Panoramaterrasse des Gebäudes bietet sich ein Rundblick über die inneren Hafengebiete von Wilhelmshaven, den Außenbereich des Marinemuseums und den Jadebusen.
Im Erdgeschoss begrüßt den Besucher die Walausstellung, die neben Wissenswertes über die heimischen Schweinswalen auch den Pottwal, das größte Meeresraubtier, vorstellt. Beeindruckend ist das Skelett eines 1994 vor der Insel Baltrum gestrandeten Pottwals mit seinen (von Gunther von Hagen plastinierten) Organen.
Weitere Attraktionen sind ein original Krabbenkutter, der von seinen Abenteuern auf See erzählt und das Expo-Projekt „Sturmerlebnisraum“, in dem die Besucher die eigenen Kräfte mit dem unsichtbaren Riesen messen können
Neben zahlreichen Präparaten von Vögeln kann man in einigen Aquarien auch lebende Tiere beobachten. Neben einem kleinen Wattwurmbecken, dass auch Einblicke in die unterirdischen Röhren der Tiere bietet und einem Berühr-Becken zeigt das Besucherzentrum in einigen Aquarien typische Tierarten aus der Nordsee, wie Katzenhaie und Strandkrabben.
Das Besucherzentrum ist ein interessantes Museum, das die Vielfalt des Wattenmeers nahe bringt. Erweitert werden die Ausstellungen durch Sonderausstellungen.
An der Kasse der Großen Hafenrundfahrt (gegenüber des Besucherzentrums) gibt es billigere Kombitickets (Hafenrundfahrt und Besucherzentrum).
Mehr über das Besucherzentrum erfährt man hier.